После закрытия острога в 1989 году многие аутентичные элементы, напоминающие о прошлом казенного учреждения были демонтированы, но сохранены для истории. Сегодня массивные врата, через которые в XIX и XX веках проходили узники и надзиратели Тобольской каторжной тюрьмы представлены вниманию гостей на входе в музейный комплекс.

Музей истории пенитенциарной системы в г. Тобольске открылся в стенах Тюремного замка в 2012 году и является одним из самых посещаемых объектов музейного показа. Его экспозиции знакомят с бытом арестантов дореволюционного и советского периодов.